упорядочил папки с кодом.

src/Common/Passes/SapforModification.java

@@ -0,0 +1,21 @@
+package Common.Passes;
+import Common.Global;
+public class SapforModification extends SapforPass {
+    public String addOpt1 = "";
+    public String addOpt2 = "";
+    @Override
+    protected boolean isGoodCode() {
+        return sapfor.getErrorCode() >= 0;
+    }
+    @Override
+    protected void body() throws Exception {
+        sapfor.RunModification(
+                getSapforPassName(),
+                -Global.messagesServer.getPort(),
+                Global.packSapforSettings(),
+                target.getProjFile().getAbsolutePath(),
+                "",
+                addOpt1,
+                addOpt2);
+    }
+}